Samodzielne rozszerzenie do Shoguna. Wprowadza nową kampanię rozpoczynającą się w 1864 roku, u progu wojny Boshin. Mamy tutaj do czynienia ze starciem tradycyjnej kultury samurajów, z nowoczesnością przyniesioną z zachodu.
W tej kampanii musimy opowiedzieć się po stronie zwolenników cesarza lub shoguna. Odróżnia to rozgrywkę od podstawowej wersji gry, gdzie w pewnym momencie byliśmy zmuszeni walczyć z całą Japonią. Tutaj, jeśli po osiągnięciu odpowiedniej potęgi przysięgniemy wierność naszemu suwerenowi, to inne klany z naszego stronnictwa również staną po naszej stronie.
Podczas naszych podbojów możemy poprowadzić zarówno samurajów jak i nowocześnie uzbrojoną armię. Od nas zależy czy postanowimy pozostać przy tradycji, czy jednak przyjmiemy nowinki technologiczne z zachodu, a może połączymy jedno z drugim. Każda z naszych decyzji przyniesie nam zarówno korzyści jak i pewne ograniczenia.
Mapa kampanii została poszerzona o wyspę Hokkaido, a dodatkowo doszła możliwość wybudowania linii kolejowej pozwalającej na szybki transport jednostek. Kolejną nowością wprowadzoną w Zmierzchu Samurajów jest możliwość ostrzelania za pomocą floty wrogich prowincji i armii, a jeśli nasze okręty są dostatecznie blisko naszych sił podczas bitwy lądowej to otrzymamy możliwość wezwania wsparcia artyleryjskiego.
